从零搭建zotero到obsidian的工作流

所谓“工欲善其事，必先利其器”（差生文具多），想要针对一个领域研究出成果，首先需要建立其对于这个领域完善的知识体系，即形成属于自己的知识库。现在有非常多的笔记软件，例如Notion、语雀、Obsidian等等，对于建立知识库非常有帮助，下面我就来谈谈我个人探索出来的一套从zotero管理文献，到阅读文献做笔记再到obsidian中形成阅读笔记的丝滑工作流。

Why zotero?

zotero是一个文献管理软件，据我了解，其前身其实只是一款浏览器插件，用于提供文献元数据的管理，直到后来被开源社区开发成一款跨平台的桌面级软件，并且有非常好的开源社区以及大量的插件。

文献管理软件当然也不止这一款，至于为什么选择zotero，原因其实非常简单，就是因为它是开源软件，我本人是如果功能足够用，一定会优先考虑开源软件的。开源软件一般拥有庞大的专业用户，他们拥有过硬的技术和开源精神，形成的社区非常喜人。

zotero的基础操作我就不多说了，其实使用起来也比较简单，我主要利用它来分类整理文献，同时搭配Zotero Connector浏览器插件，在google scholar中浏览文献的时候直接一键收录并且提取元数据。

这里推荐两个比较好用的插件，也是我觉得必装的，后续的配置会默认已经安装了这两个插件，插件的配置可以参考网络然后根据自己的需要进行。

  • Better BibTex 6.7.19 ——主要用来帮助zotero更好的管理bibliographic数据
  • ztofile 5.1.1 —— 更好的管理附件文件，例如格式化命名、移动附件等等
  • 另外我的Zotero版本是6.0.11

同时还可以配置Zotero利用云盘进行备份/多设备同步等等，例如我就将我的整个附件目录以及Zotero数据库放在了icloud中。

Why obsidian?

说实话，obsidian算是后起之秀了，在知识库软件百花齐放的今天，这个界面不那么友好的软件似乎没有什么竞争力，但对于专业人士来说，恰恰相反。obsidian它所有的特性完美的符合了我的需求。

  • 文档以markdown格式编写，同时提供扩展语法
  • 数据存储在本地，且直接以.md格式存储，让人放心
  • 提供双向链接、关系图谱等功能
  • 拥有非常庞大的插件支持（例如Vim相关的插件以及等下我们会用到的插件）

构建文献阅读整理工作流

在我们阅读文献的时候，特别是精读的时候，我觉得比较好的一个流程是：

  1. 一遍阅读一遍标注一边写评论，这样可以有助于理解文章，同时理清文章的脉络
  2. 利用不同的颜色区分标注的不同内容
  3. 阅读完成后整理阅读笔记，形成知识存储在知识库中，方便以后翻阅，因为通常需要阅读大量的文献，很容易不记得一些文件的细节

下面我就按照上面的流程来介绍我探索出来的一个工作流

文献标注

我会用不同的颜色来表示标注内容的不同意思，通常的习惯是

  • 橘色表示文章的主要思想
  • 黄色表示研究的细节部分或者系统实现的细节
  • 红色表示还需要继续探究的部分或者感兴趣的参考文献

通过不同颜色的区分不仅有助于我们梳理文章内容，同时也方便接下来导入Obsidian的配置。

导入Obsidian，形成笔记

说了这么多，终于到了重点部分，看起来毫不相关的两个软件，是如何联系起来的呢，这就不得不提到Obsidian的一个插件——zotero-integration了

其实在发现这款插件之前，我是根据Zotero -> zotfile -> mdnotes -> obsidian -> dataview Workflow这篇帖子在实现我的workflow的，但是后来由于zotero的更新，导致zotero的插件mdnote失效了，所以换成了更稳定的Obsidian端实现

安装好zotero-integration后，可以首先通过这个视频熟悉它的使用

现在我们知道了zotero-integration可以通过编写模板实现格式化导入文献笔记

那么我自己的模板文件如下：

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## Abstract
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## 摘要

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这个模板有几个比较有意思的地方

  1. 元数据单独管理，可以方便迁移，本地链接全部存在元数据中。正文中不存在本地链接，直接复制到别的地方也可以正确的跳转
  2. 它的front-matter部分我直接按照Hexo博客模板给出，这样不仅可以更加方便的管理元数据，还可以让我直接复制粘贴到Hexo当作博文发布
  3. 搭配admonition使用可以实现贴纸效果，笔记一目了然，当然如果不喜欢也可以简化{% for annotation in annotations %}里面的实现

下面给一些导入之后的效果，每次阅读完文献、整理之后，就形成自己的知识。